色譜柱都有一定的壽命，它與所分析的樣品狀況和維護情況有直接關系。柱壽命完結的主要標志是固定液流失太多而失去了分離能力，柱管堵塞或斷裂也是導致柱失效的原因。有時只是因為一些高沸點的極性化合物的吸附而使色譜柱喪失分離能力，這時可對其進行清洗和修理。具體辦法是先在高溫下老化柱子，用載氣將污染物沖洗出來；若柱性能仍不能恢復，就從儀器上卸下柱子，將柱頭截去10cm或更長（柱頭是最容易被污染的），再安裝上測試。這是常用的柱性能恢復措施。如果還不起作用，可再反復注射溶劑進行清洗，常用的溶劑依次為丙酮、甲苯、乙醇、氯仿和二氯甲烷。每次可進樣5-10μl，這一辦法常常能奏效。如果色譜柱性能還不好，就只有卸下柱子，用二氯甲烷或氯仿沖洗。可用抽真空的辦法將溶劑從另一端吸入，也可用對溶劑瓶加壓的方法將溶劑壓入。溶劑用量依柱子的污染程度而定，一般20ml 左右。如果這一方法仍不起作用，說明色譜柱應該報廢了。需要說明，只有固定液交聯的色譜柱才可用此法清洗，否則會將固定液全部洗掉。