目前，掃描電鏡實驗室認證和認可已有許多標準文件可供執行，按分析測試的目的可有以下幾類，現分別列舉如下:

(1)常用的與掃描電鏡測長直接有關的標準有以下幾個：
    根據計量器具的實際使用情況，本著科學、經濟和量值準確的原則確定非強檢計量器具檢定或校準周期。應注意的幾個方面：
    ● 微米級長度的掃描電鏡測量方法（GB/T16594-94)
    ● 金覆蓋層厚度的掃描電鏡測量方法(GB/T 12334-2001)

    ● 納米級長度的掃描電鏡測量方法(國家標準討論稿)

(2）常用的與掃描電鏡檢定規程有關的標準有以下一些，主要用于掃描電鏡的檢定，包括分辯力的檢驗和放大倍率的校驗。
    ● 掃描電子顯微鏡試行檢定規程(JJG 550-88)
    ● 分析型掃描電子顯微鏡檢定規程（JJG 011—1996)
    ● 電子探針分析儀的檢測方法(GB/T 15075-94)

    ● 微束分析一掃描電鏡一圖像放大倍率校準導則

(3）常用的與掃描電鏡分析測試應用有關的標準有以下一些，其中，如山羊絨、綿羊毛及其混合纖維定量分析方法和沉積巖中自生粘土礦物掃描電子顯微鏡及X射線能譜鑒定方法等在實際使用中收到了良好的效果。
    ● 山羊絨、綿羊毛及其混合纖維定量分析方法（GB/T#14593-93)
    ● 黃金制品鍍層成分的X射線能譜測量方法（GB/T#17723-99)
    ● 沉積巖中自生粘土礦物掃描電子顯微鏡及X射線能譜鑒定方法(GB/T#17361-98)

    ● 黃金飾品的掃描電鏡X射線能譜分析方法(GB/T#17632-98)

(4）常用的與掃描電鏡分析間接有關的標準有:
    ● 電子探針分析標準樣品通用技術條件（代替GB/T#4930-85)
    ● 電子探針定量分析方法通則GB/T#15074-94
    ● 玻璃的電子探針分析方法GB/T#15244-94
    ● 稀土氧化物的電子探針定量分析方法GB/T#15245-01
    ● 硫化物礦物的電子探針定量分析方法 GB/T#15246-01
    ● 碳鋼和低合金鋼中碳的電子探針定量分析方法GB/T#15247-94
    ● 硅酸鹽礦物的電子探針定量分析方法GB/T#15617-01
    ● 金屬及合金電子探針定量分析方法GB/T#15616-95
    ● 電子探針和掃描電鏡X射線能譜定量分析通則GB/T#17359-98
    ● 鋼中低含量Si、Mn的電子探針定量分析方法GB/T#17360-98
    ● 黃金制品的電子探針定量測定方法 GB/T#17363-98
    ●金屬與合金電子探針定量分析樣品的制備方法GB/T#17365-98
    ● 礦物巖石的電子探針分析試樣的制備方法GB/T#17366-98
    ● 船舶黑色金屬腐蝕層的電子探針分析方法 GB/T#17506-98

嚴格來說，每個配X射線能譜儀的掃描電鏡實驗室，都應在不同程度上掌握上述標準，或應嚴格執行這些標準。